Projek ini telah ditentang oleh pengarang Ralph Giordano,[5] sayap kanan, Jörg Uckermann [de], pada masa itu timbalan datuk bandar tempatan, telah mengkritik projek itu dengan mengatakan bahawa "Kami tidak mahu membina ghetto Turki di Ehrenfeld. Saya tahu tentang Londonistan dan saya tidak mahu itu di sini."[5]

Markus Wiener of the far-right activist group Pro Cologne,[15] melahirkan kebimbangannya bahawa masjid Cologne akan memperkasakan penduduk Islam terlalu banyak.[16]

Pada 16 Jun 2007, 200 orang berkumpul dalam protes yang dianjurkan oleh Pro Cologne terhadap masjid termasuk wakil dari Parti Kebebasan Austria dan Vlaams Belang Belgium.[6][17] Kemudian timbalan datuk bandar daerah Uckermann menyokong bahawa dia berpendapat ramai penduduk menolak masjid kerana mereka percaya bahawa Cologne adalah “bandar Kristian".[18] Pengarang Ralph Giordano menyatakan bahawa dia menentang projek itu kerana masjid itu akan menjadi "suatu ekspresi pengislaman yang merayap di bumi kita", sebuah "pengisytiharan perang”,[16] dan bahawa dia tidak mahu melihat wanita bertudung di jalan-jalan Jerman, menyamakan penampilan mereka dengan "penguin manusia". Henryk M. Broder, seorang wartawan, tidak bersetuju dengan metafora Giordano tetapi berkata bahawa “Sebuah masjid adalah lebih daripada sebuah gereja atau rumah ibadat. Ia adalah kenyataan politik.”[17] Kenyataan Giordano telah mengubah pertikaian tempatan menjadi perdebatan nasional tentang tempat Islam di Jerman.[17] dan orang Jerman terkemuka yang lain mengkritik projek itu juga. Datuk Bandar daerah Uckermann menyatakan bahawa komen Giordano "merobohkan tembok. Sebelum ini jika anda mengkritik masjid besar ini, anda adalah seorang Nazi. Tetapi kita mempunyai masalah dengan integrasi umat Islam. Ini soal bahasa dan budaya.”[5] Uckermann meninggalkan CDU konservatif untuk Pro Cologne berhaluan kanan pada 2008 selepas diundi keluar daripada jawatan sebagai timbalan datuk bandar daerah itu dan dilaporkan menghadapi pengecualian parti.[19]

Pegawai integrasi bandar Marlis Bredehorst menyatakan bahawa "adalah penting bagi orang Islam di sini mendapatkan rumah sembahyang yang bermaruah" dan menambah bahawa "dua ratus tahun yang lalu, orang Protestan terpaksa berdoa secara rahsia di Cologne Katolik [...] itu adalah sesuatu yang kita tidak boleh bayangkan lagi hari ini."[6] Datuk Bandar bandar itu, Fritz Schramma, yang menyokong projek itu berkata bahawa “Bagi saya, ia adalah jelas bahawa orang Islam perlu mempunyai tempat ibadat yang berprestij, tetapi ia mengganggu saya apabila orang telah tinggal di sini selama 35 tahun. dan mereka tidak bercakap sepatah pun bahasa Jerman.”[17] Pemimpin Kristian telah mengambil sikap yang sama ambivalen: Gereja Katolik telah lama menyokong projek itu, walaupun baru-baru ini Kardinal Joachim Meisner, Uskup Agung Cologne, lebih berhati-hati: apabila ditanya sama ada dia takut dengan masjid, dia berkata, “Saya tidak mahu mengatakan saya takut, tetapi saya mempunyai perasaan tidak senang.”[12] Beliau juga menyatakan bahawa Turki harus membenarkan hak yang setara dengan minoriti Kristiannya. Beliau berkata masjid itu akan mengubah latar langit Cologne.[8] Wolfgang Huber, uskup terkemuka Protestan Jerman, mengkritik “penguasaan lelaki”yang dilihatnya dalam Islam dan berkata orang Islam sepatutnya boleh memeluk agama Kristian tanpa takut akan tindakan balas.[8] dan hukuman mati.

Pendapat umum nampaknya “menyokong dengan berhati-hati, dengan majoriti penduduk mengatakan mereka menyukainya”.[12] Tinjauan yang diambil oleh sebuah akhbar tempatan di kalangan 500 penduduk Cologne menunjukkan bahawa projek itu disokong oleh 63%, di mana 27% daripadanya mahu saiznya dikurangkan.[17][20]

Bantahan yang dirancang oleh Pro Cologne pada 20 September 2008 telah dibatalkan oleh polis pada saat-saat akhir demi kepentingan keselamatan awam, selepas pertempuran antara polis dan penunjuk perasaan.[21][22]

Pada 28 Ogos 2008, Majlis Bandaraya Cologne mengundi untuk meluluskan pembinaan masjid. pendirian ini diambil oleh semua pihak kecuali Demokrat Kristian (CDU). Di luar dewan, sekumpulan 30 penunjuk perasaan berdemonstrasi menentang kelulusan itu, manakala 100 berdemonstrasi menyokongnya.[2]

Projek masjid Cologne telah berbeza dengan projek yang kurang kontroversi di Duisburg, Jerman: di Duisburg, terdapat kerjasama dan komunikasi yang baik dari peringkat awal antara ahli politik Jerman, pemimpin gereja dan masyarakat serta pemaju masjid.[16][23]